等攻九江，克之，磔贼首林启荣。诏嘉林翼调度有方，加太子少保。林翼乃急规安庆，杨岳斌率水师出九江，都兴阿出宿松、望江，逼安庆为围师。李续宾规复太湖、潜山、桐城，与都军为犄角。五月，丁母忧，诏予假百日治丧，假满仍署巡抚。七月，庐州陷，李续宾轻军赴援，战殁三河。林翼方奉母柩回籍，诏急起视师，林翼闻命，痛哭起行，迳次黄州，军心始定。

九年，进屯上巴河，与李续宜整饬部伍，日夜训练，谋大举。会石达开由江西犯湖南，围宝庆。林翼令李续宜率所部赴援，舒保马队助之，又以水师分扼河道，宝庆围得解，于是与曾国籓合力图复安徽。国籓循江而下为第一路，多隆阿、鲍超攻取潜山、太湖为第二路，林翼自出英山、霍山为第三路，李续宜由松子关出商城、固始为第四路。十月，由黄州移营英山。陈玉成在贼中最狡悍，见太湖围急，纠合捻匪张洛行、龚瞎子众数十万来援。林翼集诸军精锐全力备战，欲一鼓歼之。与曾国籓部署诸将，指挥战略。谋前敌总统，以多隆阿谋勇兼优，而鲍超素不相下，手书劝勉，十数往复，始定议。又备意外，令金国琛、余际昌以八千人出潜山天堂拊贼背。十二月，贼至，鲍超营小池驿，当其冲，贼聚攻之。多隆阿虑分兵掣全势，置不救，调唐训方往助。事且急，金国琛等由山中鼓行而出，贼乃夺气。十年正月，多隆阿攻罗山冲为西路，鲍超出小池驿为东路，硃品隆、蒋凝学、唐训方等合击，金国琛等亦同时并进，大破贼，歼毙先后二万馀，遂克太湖城，潜山亦复。是役为仅见之大捷，安庆之势遂孤。

既而江南大军溃，苏、常尽陷，曾国籓授两江总督，督师。林翼为画分路大举之策，国籓不尽用，率鲍超等次祁门，为规复江南计，以其弟国荃围安庆。林翼令多隆阿围桐城，李续宜屯青草塥，为两军援，都兴阿别出师江北，分兵济饷，林翼悉任之。十月，多隆阿、李续宜大破贼于桐城挂车河。林翼进驻太湖，度贼援安庆不利，必深入湖北腹地以分我军势。令余际昌屯霍山乐兒岭，成大吉屯罗田松子关，戒贼至勿狼战，坚守待援。十一年春，贼果合捻匪西犯，成大吉破之松子关，歼捻渠龚瞎子。霍山守者违节度，为贼所败，遂进陷黄州、德安、孝感、随州，林翼令李续宜回援。贼复分股回略蕲、黄，趋安庆，约城贼夹击。檄成大吉下援，鲍超亦由南岸至，破贼于集贤关，擒斩数千，磔其渠刘瑲林。多隆阿亦破援贼于桐城，贼计不得逞，城中粮将尽，势益慼。南岸之贼复由江西犯兴国、大冶，南及崇、通，武汉震动。林翼方病咯血，自率师回援，而围攻安庆益急。及抵湖北，贼已闻风遁。八月朔，遂克安庆。曾国籓推林翼为首功，诏加太子太保，予骑都尉世职。桐城、庐江、舒城以次复，黄州、德安之贼先后擒斩，楚境悉平。

林翼久病，闻文宗崩于热河行在，大恸呕血，八月，卒。诏赠总督，祀贤良祠，湖北、湖南并建专祠，赐其子子勋举人，谥文忠。同治元年，复诏：“林翼未竟全功，遽就溘逝，迹其功勋卓越，名播寰区，至今江、鄂士民称颂。命于原籍家祠赐祭一坛。”洎江南平，加予一等轻车都尉世职，子子勋袭，后并两世职为男爵。光绪中，以孙祖廕袭，官邮传部参议。

林翼貌英伟，目岩岩，威棱慑人。事至立断，无留难。尤长综覈，釐正湖北漕粮积弊，以部定漕折为率，因地量加轻重，民岁减钱百馀万缗，岁增帑四十馀万两，提存节省银亦三十馀万两。两湖自淮盐阻绝，率食川盐，于宜昌、沙市、武穴、老河口设局徵税，视旧课增至倍蓰。时东南各省皆抽釐助饷，惟湖北多用士人司榷，覈实无弊。其治军务明纪律，手订营制，留意将才。尝曰：“兵之嚣者无不罢，将之贪者无不怯；观将知兵，观兵知将。为统将必明大体，知进退缓急机宜；其次知阵法，临敌决胜；又其次勇敢：此大小之分也。”驭将以诚，因材而造就之，多以功名显。察吏严而不没一善，手书褒美，受者荣于荐剡，故文武皆乐为之用。士有志节才名不乐仕进者，千里招致，于武昌立宝善堂居之，以示坊表。尝曰：“国之需才，犹鱼之需水，鸟之需林，人之需气，草木之需土。得之则生，不得则死。才者无求于天下，天下当自求之。”荐举不尽相识，无一失人。曾国籓称其荐贤满天下，非虚语。尝自以闻道晚，刻自绳检，欿然常若不足。家有田数百亩，初筮仕，誓先墓，不以官俸自益。父著弟子箴言行世，承其志为箴言书院，教人务实学。病革，曰：“吾死，诸君赙吾，惟修书院，无赡吾家。”所著读史兵略、奏议、书牍，皆经世精言。