十年，命赴四川督办军务。时左宗棠已奉命募勇援浙，聘湘乡刘蓉赞军事。湘军名将多从曾国籓、胡林翼，惟刘岳昭、黄淳熙在湖南。调两军随行，受代将发，石达开复由广东犯湖南境，吏民乞留。遣岳昭、淳熙会剿，贼寻引去。十一年正月，始启行，抵宜昌，闻陈玉成犯湖北，分遣岳昭赴援，自率五千人川。

永宁，余星元自酃县收永新、莲？。初议规江西分三路，北路瑞州，中路袁州，南路吉安。刘长佑袁州一路兵逾九千，饷难再筹。至是始令周凤山、曾国荃各募勇二千，合趋吉安。诏嘉秉章不分畛域，越境殄寇，赐翎。

七年，武汉既复，下游无警，湘军乃四。以蒋益澧率永州军援广西，以王珍军增援江西，以兆琛等军援贵州，需饷益钜。湖南自军兴停漕运，米贱，而徵折犹沿旧价，民困赋绌。秉章减浮折，覈中饱，民减纳而赋增。仿扬州例，收盐货釐金，岁百数十万，给军无缺。王珍战江西，屡破悍寇，克乐安，寻卒于军，以张运兰及珍弟开化分统其众。刘长佑攻临江，至十二月克之。八年，京察叙功，加品。刘长佑以疾归，以刘坤一代领其军。规抚州、建昌，先后克复。八月，诸军齐集，克吉安。石达开败窜浙江，江西略定。秉章以兵合不易，应乘胜取。疏请起曾国籓督师援浙，留萧启江、张运兰两军随征，馀军尽撤。盖自五年援江西，糜湖南饷凡二百六十万，协济之数不预焉。

石达开由浙闽、粤，徘徊五岭之上。九年，复由江西湖南。秉章调魏喻义、陈士杰扼岿河，起刘长佑于家，令与刘坤一募勇四万备迎击。调萧启江、张运兰于江西，调田兴恕于贵州，未集而贼至，陷桂、宜章、兴宁，窥衡州，为岿河之军所扼，回窜嘉禾、新田、临武、宁远。达开大队窜永兴，以据上游。刘长佑祁，与之相持。回犯东安、新宁，刘坤一再挫之，乃趋宝庆，众号三十万，多乌合。秉章下免死令，散数万人。时赵焕联、田兴恕等军先至，营城外。贼营环二百里，包诸军于中。胡林翼遣李续宜率军赴援，秉章令刘长佑、刘岳昭、何绍彩分三路。六月，战宝庆城下，内外夹击。贼人众乏，再战再败，遂东窜。萧启江军遇于永州，又击败之。乃由全州窜广西，启江尾追，刘长佑继，败之于大榕，又败之桂林，贼窜庆远。秉章令长佑留镇广西，田兴恕回贵州，萧启江沅江，兼顾川、黔。时广东贼又扰边境，令张运兰、黄淳熙分击于江华、宜章，并歼之。

石达开见川中兵事方殷，屡由黔、楚窥伺来犯。是年，陷石，扑涪州，为刘岳昭军所阻，窜黔境。寻又叙永，攻江安，陷长宁，分扰珙、、庆符，刘岳昭、曾传理等击败之。退滇境，分窜筠连、县，官军扼金沙江以守。贼谋三路川，秉章调诸将及土司兵分防。二

莅任，奏劾布政使祥奎、中军副将张定川不职，罢之。荐刘蓉，诏超擢署布政使。军事吏治，振刷一新，于是分剿诸贼，急攻蓝、李二。令唐友耕扼眉州洪堰，断青神之援，胡中和等诸军围丹棱，作长壕木城，节节。贼弃城走，追毙蓝朝鼎于阵。馀贼分路逃散，为民团汛兵截杀几尽。蓝朝率二百人遁山，寻合诸匪陷新宁，复为官军击散。其后陕西盩厔匪溃走兴安，为民团所获，有自称为蓝大顺及弟三顺至九顺，并戮之。李永和见丹棱已克，亦遁走，分军追击，围之于铁山。同治元年，京察，诏嘉秉章殄寇迅速，整顿地方，加太少保。寻克青神，李永和、卯得兴由铁山遁走，追至宜宾，擒之。员张由庚克新宁，贼分窜，张第才遁陕西，曹灿章老林。总兵周达武解涪州围，追擒周绍涌于大竹，又擒郭刀刀于州。周毚毚由云南岳池、合州、新宁，张由庚击走之，诸城皆复。至冬，川南北一律肃清，诏嘉调度有方，予优叙。

四川之，始于咸丰九年。滇匪蓝大顺又名朝，李短搭又名永和。结党私贩鸦片，其党被捕，聚众陷宜宾，攻叙州，扰嘉定，众号十馀万，群盗遂四起。总督有凤、曾望颜等不能制，徵兵湖南，先遣萧启江一军赴之。启江寻病殁，诏曾国籓赴川督师，中止未行，成都将军崇实署总督。秉章奉命后，虑客军易遭齮龁，犹观望。崇实驰书促行，开诚迎候，发夔关税以给军，军至，乃望外。时贼首李永和、卯得兴踞青神，蓝朝围绵州，张第才、何国樑围顺庆，蹂躏四十馀县，将成都。秉章至万县，即令黄淳熙援顺庆，战于定远，阵斩何国樑，贼大败。追至潼川二郎场，中伏，淳熙阵亡，然贼惊湘军勇锐，引去。秉章由顺庆驻潼川，令胡中和、萧庆、何胜必率萧启江旧，曾传理代领黄淳熙之众，刘德谦率亲军，唐友耕率川军，合万九千人，援绵州，别以他军缀青神，分扼东北。会穆宗即位，擢授秉章四川总督。八月，师会绵州城下，连破贼十馀垒，贼败退，渡涪屯守。官军作五浮桥以济，又击败之。贼遁走，由什邡、崇庆趋丹棱，秉章始成都。