七年二月，国籓闻父忧，迳归。给三月假治丧，请终制，允开侍郎缺。林翼既定湖北，围九江，破湖，师绝数年复合。载福连望江、东，扬？风过安庆，克铜陵泥汊，与江南军通。由是湘军师名天下。林翼以此军创始国籓，杨、彭皆其旧，请起国籓视师。会九江克复，石达开窜浙江，浸及福建，分复犯江西，朝旨诏国籓办浙江军务。

六年，贼酋石达开由湖北窜江西，连陷八府一州，九江贼踞自如，湖南北声息不相闻。国籓困南昌，遣将分屯要地，羽檄驰，不废诵。作陆师得胜歌，教军士战守技艺、结营布陈之法，歌者咸奋，以杀贼敢死为荣。顾众寡，终不能大挫贼。议者争请调泽南军，上以武汉功垂成，不可弃。泽南督战益急，卒死于军。玉麟闻江西警，芒鞋走千里，穿贼中至南昌助守。林翼已为湖北巡抚，国籓弟国华、国葆用父命乞师林翼，将五千人攻瑞州。湖南巡抚骆秉章亦资国荃兵援吉安，兄弟皆会行间。而国籓前所遣援湖北诸军，久之再克武汉，直下九江，李续宾八千人军城东。续宾者，与弟续宜皆泽南第弟也。载福战船四百泊江两岸，江宁将军都兴阿队、鲍超步队驻小池，凡数万人。国籓本以忧惧治军，自南昌迎劳，见军容甚盛，益申儆告诫之。而是时江南大营溃，督师向荣退守丹，卒。和为钦差大臣，张国樑总统诸军攻江宁。

垒不下，驶鄱湖。贼筑垒湖断其后，舟不得，于是外江、内湖阻绝。外江战船无小艇，贼乘舴艋夜袭营，掷火烧坐船，国籓而免，师遂大。上疏请罪，诏旨宽免，谓于大局无伤也。五年，贼再陷武汉，扰荆襄。国籓遣胡林翼等军还援湖北，塔齐布留攻九江，而躬至南昌抚定师之困内湖者。泽南从征江西，复弋，广信，破义宁，而塔齐布卒于军。国籓在江西与巡抚陈启迈不相能，泽南奔命往来，上书国籓，言东南大势在武昌，请率所援鄂，国籓从之。幕客刘蓉谏曰：“公所恃者塔、罗。今塔将军亡，罗又远行，脱有急，谁堪使者？”国籓曰：“吾计之熟矣，东南大局宜如是，俱困于此无为也。”嵩焘祖饯泽南曰：“曾公兵单，奈何？”泽南曰：“天苟不亡本朝，公必不死。”九月，补授兵侍郎。

李秀成大会群贼建平，分援江宁，江南大营复溃，常州、苏州相继失，咸丰十年闰三月也。左宗棠闻而叹曰：“此胜败之转机也！江南诸军，将蹇兵疲久矣。涤而清之，庶几后来可藉手乎？”或问：“谁可当者？”林翼曰：“朝廷以江南事付曾公，天下不足平也。”于是天慎选帅，就加国籓兵尚书衔，署理两江总督，旋即真，授钦差大臣。是时江、浙贼氛炽，或请撤安庆围先所急。国籓曰：“安庆一军为克金陵张本，不可动也。”遂南渡江，驻祁门。江、浙官绅告急书日数十至，援苏、援沪、援皖、援镇江诏书亦叠下。国籓至祁门未数日，贼陷宁国，陷徽州。东南方困兵革，而英吉利复失好，以兵至。僧格林沁败绩天津，文宗狩河，国籓闻警，请提兵北上，会和议成，乃止。

其冬，大为贼困，一祁门东陷婺源；一祁门西陷景德；一羊栈岭攻大营。军报绝不通，将吏惵然有忧，固请移营江就师。国籓曰：“无故退军，兵家所忌。”卒不从，使人间行檄鲍超、张运兰亟引兵会。在军中，意气自如，时与宾佐酌酒论文。自官京朝，即日记所言行，后履危困无稍间。国籓驻祁门，本资饷江西，及景德失，议者争言取徽州通浙米。乃自

国籓至江西，屯建昌，又诏援闽。国籓以闽贼不足虑，而景德地冲要，遣将援赣北，攻景德。国荃追贼至浮梁，江西列城次第复。时石达开复窜湖南，围宝庆。上虑四川且有变，林翼亦以湖北饷倚川盐，而国籓又久治兵，无疆寄，乃与官文合疏请国籓援蜀。会贼窜广西，上游兵事解，而陈玉成再破庐州，续宾战殁三河，林翼以群盗蔓庐、寿间，终为楚患，乃改议留国籓合谋皖。军分三，各万人。国籓由宿松、石牌规安庆，多隆阿、鲍超太湖取桐城，林翼自英山乡舒、六。多隆阿等既大破贼小池，复太湖、潜山，遂军桐城。国荃率诸军围安庆，与桐城军相犄角。安庆未及下，而皖南贼陷广德，袭破杭州。