。疏请旗民十家联保，以凭稽察。二十年，海疆戒严，疏请旅顺口为水路冲衢，当扼要筹备。英船入奉天洋面，先后游弋山海关、秦皇岛等处，锦州、山海关皆设防。

二十二年正月，粤事急，琦善既黜，调耆英广州将军，授钦差大臣，督办浙江洋务。因御史苏廷魁奏英吉利为邻国所破，诏促耆英赴广州本任，乘机进剿，寻知其讹传，仍留浙江。五月，吴淞失守，命偕伊里布赴江苏相机筹办。英兵已入江，越圌山关，陷镇江，踞瓜洲，耆英与扬威将军奕经先后奏请羁縻招抚。七月，英兵薄江宁下关，伊里布先至，英人索烟价、商欠、战费共二千一百万两，广州、福州、厦门、宁波、上海五港通商，英官与中国官员用平行礼，及划抵关税、释放汉奸等款。越三日，耆英至，稍稍驳诘之。英兵突张红旗，置砲锺山上临城，急止之，遣侍卫咸龄、江宁布政使恩彤、宁绍台道鹿泽良，偕伊里布家丁张喜，诣英舟，许据情奏闻。宣宗愤甚，大学士穆彰阿以糜饷劳师无效、剿与抚费亦相等为言，乃允之。耆英等与英将濮鼎查、马利逊会盟于仪凤门外静海寺，同签条约，先予六百万，馀分三年给，和议遂成。九月，英兵尽数驶出吴淞，授两江总督，命筹办通商及浙江、福建因地制宜之策。

二十三年，授钦差大臣，赴广东议通商章程，就粤海关税则分别增减，各口按新例一体开关，胪列整顿税务条款，下廷议施行。又奏美利坚、法兰西等国一体通商，允之。美国请入京瞻觐，卻不许。二十四年，调授两广总督，兼办通商事宜。二十五年，协办大学士，留总督任。比利时、丹麦等国请通商，命体察约束。二十六年，京察，以殚心竭虑坐镇海疆，被议叙。疏上练兵事宜，缮呈唐臣陆贽守备事宜状，请下各将军督抚置诸座右。英国请于西藏定界通商，谕耆英坚守成约，毋为摇惑。

故事，广东洋商居住澳门，贸易有定界，赴洋行发货，不得擅入省城。自江宁和议有省城设立栈房及领事入城之约，粤民犹持旧例，愬于大吏，不省，乃举团练，众议汹汹，不受官吏约束。二十三年，濮鼎查将入城，粤民不可，逡巡去。二十五年，英船复至，耆英遣广州知府余保纯诣商，粤民鼓噪，安抚乃罢。英人以登岸每遭窘辱，贻书大吏诮让，群情愤激，不可晓谕。至二十七年，英船突入省河，要求益坚，耆英谩许两年后践约，始退，自请议处。谕严为防备，务出万全。耆英知终必有衅。

二十八年，请入觐，留京供职，赐双眼花翎，管理礼部、兵部，兼都统。寻拜文渊阁大学士，命赴山东查办盐务，校阅浙江营伍。三十年，文宗即位，应诏陈言，略曰：“求治莫先于用人、理财、行政诸大端。用人之道，明试以功。人有刚柔，才有长短。用违其才，君子亦恐误事；用得其当，小人亦能济事。设官分职，非为众人藏身之地。实心任事者，虽小人当保全；不肯任怨者，虽君子当委置。行政在于得人，迂腐之说，无裨时务，泥古之论，难合机宜，财非人不理。今赋额四千馀万，支用有馀，不能如额，以致短绌。致绌之由，非探本穷源，不能通盘清釐。与其正赋外别费经营，不如于正赋中覈实筹画。”疏入，特谕曰：“身为端揆，一言一动，举朝所矜式。耆英率意敷陈，持论过偏，显违古训，流弊曷可胜言。”传旨申饬。耆英不自安，屡称病。是年十月，上手诏揭示穆彰阿及耆英罪状，斥“耆英在广东抑民奉夷，谩许入城，几致不测之变。数面陈夷情可畏，应事周旋，但图常保禄位。穆彰阿暗而难明，耆英显而易见，贻害国家，其罪则一”犹念其迫于时势，从宽降为部属。寻补工部员外郎。

咸丰三年，粤匪北犯，耆英子马兰镇总兵庆锡奏请父子兄弟同赴军前，命耆英随巡防王大臣效力，以捐饷予四品顶戴。五年，庆锡向属员借贷被劾，耆英坐私告，革职圈禁。