二十五年七月，扈从河，甫驻跸，帝不豫，乡夕大渐。均元与大学士托津督内侍检御箧，得小金盒，启鐍，宣示御书立宣宗为皇太，奉嗣尊位，然后发丧。洎还京，因撰拟遗诏有“宗降生于避暑山庄”之语，误引御制诗注，枢臣皆被谴镌级，均元与托津并罢直。光二年，裕陵隆恩殿蠹朽，距修建甫二十年，承办工员俱获罪。均元以在事未久，从宽罢务，夺衔，责同赔修，工毕复之。漳北徙，命均元驰视。次年，因漳下溃直隶元城红堤，之则元城北境无所，不则山东馆陶受其害，复命均元往视。议展宽旧有引河，俾积穿堤卫，别就堤下新刷沟挑成河，分馆陶境，筑堤防溢。复偕巡抚程祖洛勘上游，议：“漳自乾隆五十一年南徙合洹后，卫为所格阻，频年冲决，由于合则为患。今漳北徙，与洹分卫，当因势利导，各完堤防，使漳、洹不再合。”疏上，诏从之。四年，予告回籍，全俸。

均元，字修原。乾隆四十年士，选庶吉士，授编修。迁御史，迭典江南、湖北乡试，督四川、安徽学政。嘉庆三年，由安徽任满还京，兄衢亨先已超授军机大臣，故事，大臣亲属任科者，对品回避，均元例改六员外郎，特命以鸿胪寺少卿候补。累擢工侍郎。

年，授受礼成。凡大典撰拟文字，皆其手。二年，命随军机大臣学习行走，以秩卑，特加三品卿衔。累迁礼侍郎，调。四年，仁宗始亲政。衢亨以病乞假；假满，兼署吏侍郎。六年，擢兵尚书，兼顺天府尹、三库。川、楚、陕教匪以次削平，以赞画功，屡荷优褒。七年，大功戡定，诏嘉其知无不言，言无不尽，克尽忠悃，加太少保，予云骑尉世职。九年，失察顺天府书吏盗印，罢兼尹。十年，调，兼直南书房，典会试。十二年，协办大学士，兼翰林院掌院学士，典顺天乡试。十三年，偕大学士长麟视南河。时河事日敝，帝锐意整顿，中外臣工议不一，特命查勘筹议。衢亨叔均元方以总河谢病家居，许便省视，遂与长麟三疏陈治河要义，斟酌缓急，停修城铺坝，复天然闸东山罅闸坝，以减黄济运；于王营减坝西，增筑坝、石坝，普培沿河大堤，以淮、扬境内为尤急。云梯关外八滩以上，接筑雁翅堤以束势。堰、山盱石堤加筑后戧土坡，为暂救目前之计，徐办碎石坦坡以护石工。智、礼二坝加石基四尺，以制宣。疏上，帝韪之，命嗣后考覈河工以为标准。十四年，万寿庆典，晋太少师。

衢亨清通，无声之好。朝退延接士大夫，言人人殊，不置可否，而朝廷设施，有见之数月数年之后者。柄政既久，仁宗推心任之。给事中杰疏论长芦欠课，衢亨方筦，议下盐政覈办。杰乃劾衢亨与盐商查有圻姻亲，餽送往来，助营第宅，不免徇庇；又廷试阅卷，援引洪莹为一甲一名，有通情状；荐周系英、王以衔、席煜、姚元之南书房，与英和附结党。衢亨疏辨，下廷臣察询，命二阿哥监视洪莹覆写试策，无误，迭诏为衢亨湔雪；惟斥其令员刘承澍在园寓稿，致招议，予薄谴，镌级留任；坐杰污衊，承澍漏，降黜有差。因调衢亨工。复以凡臣有直军机者，遇议，同官每向探意旨，事后辄相推诿，特谕申儆焉。十五年，拜仁阁大学士，理工，兼掌翰林院如故。

十六年，扈跸五台，至正定病，先回京。寻卒，年五十有七。温诏优恤，称其谨饬清慎，实为国家得力大臣，亲临赐奠，赠太太师，祀贤良祠，谥文端。嘉端，年甫十一，赐举人，袭云骑尉。

八年，偕侍郎贡楚克扎布察视张秋运河及衡家楼决工程。历、吏侍郎。十年，南河黄夺运，堰石工坏，特命驰视筹度。明年，诏以湖、河异涨，堰堤工赖先筑堰，保卫无虞，清暢注，河积淤刷涤，已复三分运、七分黄旧制，为河事一大转机，嘉均元尽心宣防，特复正、副总河旧制，授南河总督，以旧督徐端副之。在任三年，堵合黄河周家堡、郭家坊、王营减坝、陈家浦，及运河二堡、壮原墩，筑堰义字坝，拆修惠济闸，以减坝合龙，加太少保。病，乞解任，寻愈，因事降三品京堂，授左副都御史，督顺天学政。未几，迁仓场侍郎。十八年秋，河决睢州，为东河总督。诏以均元曾任南河，许便宜调用工员，责速堵合。明年，以吏侍郎内召，途次擢左都御史。寻迁礼尚书，调吏。二十年，协办大学士。逾年，授军机大臣，充上书房总师傅。二十三年，拜文渊阁大学士，晋太太保，理刑。二十四年，河决武陟营坝，自秋徂冬尚未启工，奉命驰视，还报购料未集，诏严斥在事诸臣以示儆。

先是建万年吉地于宝华峪，均元相度选定。帝敦崇俭朴，命偕庄亲王绵课、协办大学士英和监修，面戒规制一从节