五十六年，廓尔喀侵后藏，命福康安为将军，仍以海兰察为参赞大臣，督师讨之，免罚公俸。五十七年三月，福康安师青海，初草未盛，瘠，粮不给，督诸军速。行四十日，至前藏，自第理狼古如绒辖、聂拉木，察地势，疾行向宗喀，至辖布基。诸兵未集，督所分六队，趋木，潜登山，夺贼前后二碉，歼贼渠三、贼二百馀，擒十馀。次玛噶尔辖尔甲山梁，贼渠手红旗，拥众登，令设伏诱贼，至山半，伏起横击，搴旗贼尽殪。攻济陇，济陇当贼要隘，大碉负险，旁列诸碉卡，相与为犄角；乃分兵先翦其旁诸碉卡，并力攻大碉，缚大木为梯，督兵附碉登，毁垒。战自辰至亥，克其寨，斩六百，擒二百。捷闻，上为赋志喜诗书扇，并解御用佩以赐。

福康安初征金川，与海兰察合军讨回，同为参赞；及征台湾、定廓尔喀，皆专将，海兰察为参赞，师有功，受殊赏。上手诏谓：“福康安能克布，俘拉特纳都尔、都尔萨，当酬以王爵。今以受降班师，不克副初原。然福康安孝贤皇后侄，大学士傅恆，封为王，天下或议朕厚于后族，富察氏亦虑过盛无益。今如此蕆事，较平廓尔喀倍为欣。”布，廓尔喀都城；拉特纳都尔等，其渠名也。五十八年，疏陈西藏善后十八事，诏从之。

安南国王阮光平卒，上虑其国且，命福康安如广西。福康安母卒于京师，令在任守制。福康安途中病，命御医往视。福康安疏言：“安南无事，乞还京师，冀得庐墓数日。”诏许之，加封嘉勇忠锐公。移四川总督。旋又率金川土司觐。恆秀时为吉林将军，以采参亏库帑累民，命福康安莅谳，拟罪轻，上责福康安袒戚谊。复移云贵总督。方寒，赐御服黑狐大褂。

六月，自济陇廓尔喀境，克索勒拉山。度索桥，东越峨绿山，自上游潜渡。越密里山，攻旺噶尔，克作木古拉载山梁。攻噶勒拉、堆补木诸山，破甲尔古拉、集木集两要寨。转战七百馀里，六战皆捷。上诏褒福康安劳，授武英殿大学士。福康安恃胜，军稍怠，督兵冒雨；贼为伏以待，台斐英阿战死。廓尔喀使请和，福康安允之。廓尔喀归所掠后藏金瓦宝，令大人噶木第达特塔等赍表象、及乐工一，上许受其降。师还，加赐福康安一等轻车都统畀其德麟，授领侍卫内大臣，视王公亲军校例，置六品蓝翎三缺，官其傔从。复图形紫光阁，大学士阿桂让福康安居首。

，以获盗免罚总督俸。

再，克岩碧山，焚沟等二十馀寨。再攻麾手寨山，总兵连布将广西兵克苗寨四十，赐貂尾褂。围多寨，吴半生穷蹙降。上官福康安德麟副都统，在御前侍卫上行走。再攻鸭保寨，鸭保右天星寨，为贼中奇险，督兵自雪中求，取木城七、石卡五，克垂藤、董罗诸寨，赐御服黄里玄狐端罩。旋克大小天星寨。攻？木营，乘风雪夜，地良、八荆、桃诸寨。自平陇复乾州，尽克擒坡、骡峒诸隘，焚其寨三百。嘉庆元年，再，克吉吉寨、大陇峒等寨。战于吉陀，再战于两岔溪，屡败贼。贼袭？木营，攻擒坡，皆以有备败走。克结石冈，焚牧坪等大小寨七十。克官溪，再攻大麻营石城，至廖家冲，夺山巅石卡。夜间，连峰坳，夺山梁七。上褒福康安，命赠傅忄互贝。

次竹山，贼屯兰草坪西北崖，以板为寨，树旗东南山阙；乃设伏对山，仍督兵若将自山阙。贼来战，伏兵发砲，贼溃，退保琅木陀山；再，克之。山西为登坡，与黄瓜山对，分兵五，冒风雨克黄瓜山，焚寨五十六；攻蒩麻寨，夺大小喇耳山，焚寨四十。半生、三保悉众拒战，分兵攻雷公山，阻其援兵，击破西梁上中下三寨。再至大乌草河，循河克沙兜寨、盘基坳山；战于板登，再战于雷公滩，贼屡败。取右哨营，渡河，于群山中越险，克蝗冲等大小寨五十。至狗脑坡，山益险，兵皆附葛藤，冒矢石，行陟其巅，破贼寨；再，克虾蟆峒、乌龙岩。攻茶它，降者七十馀寨。上移福康安闽浙总督，封贝。

福康安染瘴病作，犹督兵，五月，卒于军。仁宗制诗以诔，命加郡王衔，从傅恆太庙，谥文襄。德麟，袭贝勒，递降至未八分公，世袭罔替。

六十年，贵州苗石柳邓，湖南苗吴半生、石三保等为，命福康安讨之。柳邓围正大营、嗅脑营、松桃？三城，福康安师至，力战，次第解三城围，赐三翎。福康安率贵州兵破老虎岩贼寨，诇得柳邓踪迹。和琳时为四川总督，将四川兵来会，攻满华寨，焚贼寨四十。柳邓湖北，投三保，三保方围永绥？，福康安督兵赴援。师当渡，贼筑卡拒守。分兵上，缚筏，纵民牧，设伏；待贼至掠，伏起，夺贼船，所缚筏亦顺至，师尽济。攻石寨，越得拉山战，杀贼甚众，令总兵连布间援永绥，师从之，战三日，围解。