丧，于伏汛前至淮安，署江南河道总督。泰兴县有硃？者，坐主使杀人罪至绞，乞赎罪，有恭许之，临行疏闻。上责其专擅，令家居待罪。总督尹继善又言有恭监临乡试，察出有贿谋联号者，复有以斗蟋蟀致讼者，皆令罚鍰，未奏闻。上命夺有恭官，逮诣京师，下大学士九卿论罪，当绞。上以赃不入己，贳之，令护母丧回籍后赴军台效力。方诣谪所，命戴罪署湖北巡抚。

二十四年，调浙江。二十五年，劾杭州将军伊领阿、副都统刘扬达违例乘轿。上夺伊领阿等官，奖有恭，命议叙。三月，疏言：“绍兴南塘、嘉兴乍浦塘并属要工。臣赴山阴勘得宋家楼为三江、曹娥二水交会，又適当潮汐之冲，为南塘首险，已改建石塘巩固。复至萧山龛、长等山，越南大亹至海宁中小亹、登文堂、葛岙诸山，勘海宁南门外，西过戴家石桥，东至陈文港，工长五千丈有奇，根址坚实，不须重建。其必当修筑者千六百馀丈，内七百七十馀丈残缺过甚，作为要工，馀次第兴修。自陈文港东至尖山，下有韩家池柴塘四百丈有奇，亦应重筑。复循海而北，自海盐至平湖，遍历乍浦塘。海盐东临大海，南有台驻，北有乍浦诸山，山趾角张。县城以一面当潮汐，城外石塘，最为险要，间有冲损，已令随时修补。”六月，又疏言：“西塘、胡家兜至海宁南门外，潮退沙涨，长十八里。前请办戴家石桥要工，既有新沙外护，应先就迤东工段趱办。再审量沙势，分别缓急。”九月，又疏言：“缓修各工，陈文港十丈，令用鱼鳞式逐层整砌。圆通菴前十丈，仍如式坚筑。廿里亭西二十五丈，修整坦面，加用排椿，令紧贴塘身。”二十六年十二月，又奏言：“海宁西塘、老盐仓诸地，经霉、伏两汛，老沙汕刷，宜先事预防，先后拆镶二百丈。自霜降后，臣往来察勘，见柴、石两塘交接处水已临塘，自此迤西，老沙仍多坍卸。请将接连前工七十丈，从速镶办。”均从之。

二十七年，上南巡，临视老盐仓、尖山诸地，令修筑柴塘，并设竹篓、坦水诸工。九月，疏报海宁塘工竟，上嘉有恭能尽心，命议叙。是秋多雨水涨，有恭以嘉、湖两府水归太湖，河道多淤，下流尤壅阏；因请浚乌程、长兴境内七十二漊，并遣吏至江南按行三江故道。十月，调江苏巡抚。上命浙江海塘工程仍责成有恭专司其事，并免学政任内应罚银。二十九年，擢刑部尚书，留巡抚任。

有恭疏请大修三江水利，略言：“太湖北受荆溪百渎，南受天目诸山之水，为吴中巨浸，而分疏之大幹，以三江为要。三江者，吴淞江、娄江、东江也。东江自宋已湮，明永乐间，别开黄浦，宽广足当三江之一，今亦谓之东江。三江分流，经吴江、震泽、吴、元和、昆山、新阳、青浦、华亭、上海、太仓、镇洋、嘉定十二州县境，其间港浦纵横，湖荡参错。大概观之，无处不可分泄。然百节之通，不敌一节之塞。太湖出水口，不特宝带桥一处，如吴江十八港、十七桥，吴县鲇鱼口、大缺口，为湖水穿运河入江要道，今不无浅阻。又如入吴淞之庞山湖、大斜港、九里湖、淀山湖、溆浦，向来宽深，近以小民贪利，遍植茭芦，圈筑鱼荡，亦多侵占。刘河，古娄江也。今河形大非昔比，舟楫来往，必舣舟待潮。昆山外濠为娄江正道，浅狭特甚。苏州娄门外江面仅宽四五丈，偶遇秋霖，众水汇集。江身浅窄，先为潦水所占，俟其稍退，然后湖水得出，为之传送，而上游已漫淹矣。东南财赋重地，水利民生大计，若及早为之，事半功倍。今筹治法，当于运河西凡太湖出水之口，皆为清釐占塞，俾分流无阻。其运河东三江故道，惟黄浦现在深通，但于泖口挑去新涨芦墩，足资宣泄。吴淞江自庞山湖以下，娄江自娄门以下，凡有浅狭阻滞之处，宜濬治宽深，令上流所泄之数，足相容纳。其江身所有植芦插籪及冒占之区，尽数剷除，嗣后仍严为之禁。则水之停蓄有所，传送以时，并即以挑河之土加培圩岸。现在徬座去海太近，难于启闭者，酌量改移，庶浑潮不入，清水盛强，而海口之淤，亦将不挑而自去。总计所需虽觉浩繁，然散在十二州县，通力合作，实亦无多。民间闻有此举，咸乐趋事，原以民力为之。但分段督修，仍须官董其成；且工费繁多，若待鸠财而后兴工，稍稽时日。恳发帑兴工，仍于各州县分年按亩徵还，则民力既纾，工可速集。”奏入，报可。于是选绅耆，赋工役，先疏桥港，次及河身。茭芦鱼荡之圈占者，除之；城市民居之不可毁者，别开月河以导之。工始于二十八年十二月，至二十九年三月告竟，用公帑二十二万有奇。

三十年正月，命协办大学士，仍暂留巡抚任。南巡，复赐诗褒勉。八月，召诣京师。有恭劾苏州同知段成功纵役累民，夺官，谳未定。巡抚明德察成功实受赇，诈称病；按察使硃奎扬、知府孔传鹡皆知之，不以言。上命夺奎扬等官，逮讯。三十一年正月，罢有恭协办大学士。又遣侍郎四达按治，得有恭授意奎扬等有意从宽状，并夺有恭官，下刑部狱。军机大臣会鞫，并追缴学政任内应罚银。二月，军机大臣等谳上，有恭罪应斩，谕改监候。八月，命原之。授福建巡抚。三十二年，卒。仍免追缴学政任内应罚银。