身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钩是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。

文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父是隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。

尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个酷暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。

从法制上讲，廷臣所提出的冷谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。自力正德皇帝的行动虽然大于物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。

然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。

老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”

带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。

申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。