，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无伦次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的未批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。

申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不出面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这种可能性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。

在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中之一环。平心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣燎的君主。然则对百官来说，特务机构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐琐事，官中或传为笑谁”巴山也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。

其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了太常寺供奉祭祖的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭扫大典。因之这个大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。

事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。

刑部尚书李世达认为这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推倭，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与分听。

如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于大常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。

检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全米计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无困。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、提骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。