渡时期，每一段落由一家系继承“征夷大将军”的名号。其所辖“幕府”为实际中央政府。幕府之组织，在各世纪中大同小异，只是这三个阶段日本的社会却有大距离之差别。每一阶段历时约两个半世纪，有似中国之朝代。此时日本天皇驻跸于京都，不仅毫无实权，而且与其公卿同样生活艰苦。一位现代学者曾指出：“天皇实在是一个贫弱的小大名。”（大名的意义下详。）中国明朝接受室町幕府进贡时，即称其将军足利义满为“日本国王”后来万历帝拟与丰臣秀吉言和时，也准备封之为“日本国王”（可是秀吉只称“关白”有摄政之意，而未就将军职），因其为实际的政治首脑。

江户即今日之东京，其幕府创始人及第一任将军为德川家康。他继织田信长及丰臣秀吉之后，以武力统一日本，于1603年任征夷大将军之职，及至明治维新，第15任将军庆喜“大政奉还”德川一家统治日本达265年。

德川氏之封建组织以幕府直接掌握日本中心地带，占全国约1／5的地区，是为“天领”包括所有重要城市如江户、京都、大贩、长崎。其他地区，划分为“藩”配给封建诸侯，其爵禄以境内产米计，凡10000石以上者称为“大名”最大之大名前田氏，领地逾100万石。江户幕府初创时，共有大名295人，（以后减至265），各大名之职位世袭。幕府在其能力所能及的范围内，可以削藩、新增大名、增减领地，也可以命令大名迁徙，但是这种情形只及于中枢之藩。德川家康统一全国时，有一部分大名早已存在，他们迫于环境，称臣纳贡，但是意态犹离，这些持观望态度之藩主，被认为有敌视态度，多配于边区远处。日后倒幕运动展开时，出力最多之藩为长州、萨摩、肥前、土佐，均在西南。

江户幕府对日本历史最大的贡献，为其保持长期和平。自1636年施行“锁国政策”后，日本人不许航海外渡，在海外之日本人不许回国，违者判死刑。外来船只仅限中国及荷兰籍（日本此时禁基督教，荷兰人承允不作传教工作），交易限于长崎，日人在港内筑有人造岛屿，称为“出岛”荷兰人只许居留岛上。葡萄牙人曾两次派员与幕府交涉，希望稍宽成命，但是使节团61人随即被拘禁斩首，只有少数人被遣返报告经过。

幕府成立之后，各藩不得擅自筑城。自1635年实行所谓“参勤交代”所有藩主都要亲至江户，参加将军近旁的各种仪节，并且在名义上担任防卫工作。基本上各大名分为两批，每年轮流驻扎于江户，并自备府寓，凡随从人员、经行道路、器具装备，都有极详细的规定，而且期满藩主回藩，其家属仍留江户，所以有些历史家指之为一种人质制度。此外也有一批大名，被派半年轮值，而远处之藩主稍有例外，轮值较稀。以经济方面而言，参勤交代制在日后之东京造成大规模的消费市场，使财富集中，刺激金融经济的发展。加以幕府规定各藩剩余之谷米，只许在江户及大皈发卖，更促成都市之繁荣。

江户政权既为封建制，则诸藩财政上自给自足，各大名除有不定期及不定量之“献金”外，不向幕府缴纳赋税，其内部之开支亦由诸藩自理。幕府军事行动或大兴土木时，诸藩供应人员，并且担任后勤。平时则各藩自理其境内治安，自理其诉讼事件。德川幕府只颁布一般法治之原则，如“武家诸法度”各藩各自颁行“家法”大概仿效江户之饬令，法律带有儒家伦理之气息，如奖励向学，严禁骄奢淫佚等等。

“幕藩之关系”至今未有定论。理论上有高度的中央集权，而事实上有相当程度的地方分权。世界史中无相似事例能与之相互印证。又如堵藩内部之管理，亦非全国一律。大凡封建（feudalism）则有“次层封建”（subinfeudation），大名之下，各陪臣（realvassal）本应层层节制，并且各有采邑（fi6f，日人称为“知行”），土地也不能买卖，封建才与庄园制度（manorialsystem）互为表里。日本封建制度初创立时，大体也都保持这种形态。武士称“侍”（中国字之“侍”读音samurai，日本人也企图将之与“士农工商”之“士”等量齐观），传统习惯，其髡发与旁人不同，身带二刀，长刀战斗，短刀准备战败自裁，上自将军属下之大名及“大老”（正副首相）、“年寄”（高级顾问）、各种“奉行”（特派经理人员），下至“御家人”（下士官）同属于待，不得与一般平民通婚，对一般平民有无限权威，可以“斩舍御免”（kirisutegomun，对抗命之平民可以宰割，虽杀人无罪），也都配有土地。

但随着时代的变迁，这种一成不变的制度难于维持。即在德川氏统一全国之前，封建制实已变质，逐渐带有官僚组织成分。江户幕府又将各大名移植。各大名率领所辖陪臣履新，所在之藩常有前代遗留之侍，因之武士阶级人员重叠，造成藩内侍之成员与全人口的比例高低不等。有如隆摩及土佐，其侍之人数特高。是以经理上也无法采取同一方式，而只能迁就于各地之习惯法。

17世纪的趋向，则是各大名将藩内陪臣之采邑废除，将他们调至藩主之守城，付以俸米，派以流动之任务。兹后迄1800年，90％之藩已将下属全部采邑废除。然则这也并不是全面现代化，推演而成一个流动性的社会。不少中古以来的武士阶级以“乡士”身份出现，他们既是大地主，也是地方上的特殊威权，可能通过继承，亘世纪地掌握着乡村中政治经济的力量。

尤其值得注意的是，日本土地税与中国税制迥然不同。幕府及大名均不向全民直接课税，其税额是集体地课予每一村庄，因之地方威权之力量不可忽视。日本土地税额之高，为历史家经常提及。正规之土地税（“年贡”）通常为收成之40％至50％（“四公六民”或“五公五民”），又有其他附加及杂税（“口米”、“欠米”、“小物成”、“助乡役”），而且德川中期有土地主权集中之形势，多数小自耕农已沦为佃农，向地主纳租。种田人如何能直接地、间接地承当如此繁重的负担？